Mikrobiota je ekologické spoločenstvo symbiotických, komenzálnych aj patogénnych mikroorganizmov, ktoré osídľujú určitý kompartment človeka. Sú tvorené rôznymi skupinami mikroorganizmov, počnúc vírusmi a končiac mnohobunkovými parazitickými organizmami. Medzi človekom a mikrobiotou sú veľmi rozmanité a vysoko štruktúrované väzby, ktoré na jednej strane zahŕňajú vzájomný prospech pre oboch partnerov, tj. Symbiózu. Na druhej strane sa môže jednať aj o škodlivé pôsobenie mikroorganizmov mikrobioty, tj. Patogenitu. Mikrobiota je sama o sebe v zložitých vzájomných vzťahoch opäť na škále začínajúcich symbiotickými interakciami a končiacich interakciami navzájom antagonistickými. Mikrobiálne osídlenie človeka je striktne individuálne a je určené ako genetickou determináciou konkrétneho jedinca, tak sumou všetkých premenných faktorov, ktorým bol jedinec exponovaný vo svojom vonkajšom prostredí. Časť týchto podnetov pôsobí epigeneticky a ovplyvňuje aj prepis génov človeka. Celý systém je vysoko dynamický a musí reflektovať ako potreby dané ontogenetickým vývojom, tak i aktuálne potreby človeka.
Črevná mikrobiota
Lactobacillus reuteri
Lactobacillus reuteri ( L. reuteri ) je dobre študovaná probiotická baktéria, ktorá môže kolonizovať veľké množstvo cicavcov. U ľudí sa L. reuteri nachádza na rôznych miestach tela, vrátane gastrointestinálneho traktu, močových ciest, kože a materského mlieka. Početnosť L. reuteri sa u rôznych jedincov líši. Bolo zaznamenaných niekoľko priaznivých účinkov L. reuteri. Po prvé, L. reuteri môže produkovať antimikrobiálne molekuly, ako sú organické kyseliny, etanol a reuterín. Vďaka svojej antimikrobiálnej aktivite je L. reuteri schopný inhibovať kolonizáciu patogénnych mikróbov a remodelovať zloženie komenzálnej mikroflóry v hostiteľovi. Po druhé, L. reuteri môže prospieť imunitnému systému hostiteľa. Napríklad niektoré kmene L. reuteri môžu znižovať produkciu prozápalových cytokínov a zároveň podporovať vývoj a funkciu regulačných T buniek. Po tretie, kolonizácia L. reuteri, ktorá má schopnosť posilniť črevnú bariéru, môže znížiť mikrobiálnu translokáciu z lúmenu čreva do tkanív. Predpokladá sa, že mikrobiálna translokácia cez črevný epitel je iniciátorom zápalu. Zápalové ochorenia, vrátane tých, ktoré sa nachádzajú v čreve, ako aj vo vzdialených tkanivách, sa preto môžu zlepšiť zvýšením kolonizácie L. reuteri. Pozoruhodné je, že pokles výskytu L. reuteri u ľudí v posledných desaťročiach koreluje s nárastom výskytu zápalových ochorení za rovnaké časové obdobie. Priama suplementácia alebo prebiotická modulácia L. reuteri môže byť atraktívnou preventívnou a/alebo terapeutickou cestou proti zápalovým ochoreniam.
